تبصره‌ی 9 : وزارتخانه‌ها، موسسات و شرکت‌های دولتی و دستگاه‌هایی که تمام یا قسمتی از بودجه‌ی آن‌ها به وسیله‌ی دولت تأمین می‌شود، نهادهای انقلاب ‌اسلامی، شهرداری‌ها و شرکت‌ها و موسسات وابسته به آن‌ها و هم‌چنین سایر اشخاص حقوقی مکلف‌اند مالیات موضوع این فصل را از مال‌الاجاره‌هایی که ‌پرداخت می‌کنند کسر و تا پایان ماه بعد به ‌اداره‌ی امور مالیاتی محل وقوع ملک پرداخت و رسید آن را به موجر تسلیم نمایند.

با توجه به نامه‌ی شماره 223/20980 مورخ 95/12/23 دفتر فنی سازمان امور مالیاتی، اشخاص موضوع تبصره‌ی 9 ماده‌ی ۵۳ قانون مالیات‌های مستقیم، تکلیفی در خصوص کسر مالیات بر اجاره نسبت به مبالغی که به صورت قرض الحسنه یا ودیعه به مالک پرداخت نموده‌اند (مبالغ رهن در قراردادهای واگذاری به اجاره اعم از رهن و اجاره یا رهن کامل) ندارند.

تبصره‌ی 10 : واحدهای مسکونی متعلق به شرکت‌های سازنده‌ی مسکن که قبل از انتقال قطعی و طبق اسناد و مدارک مثبته به موجب قرارداد واگذار می‌گردد مادام‌که در تصرف خریدار می‌باشد، در مدت مذکور اجاری تلقی نمی‌شود و از لحاظ مالیاتی با خریدار مانند مالک رفتار خواهد شد مشروط بر این‌که مالیات نقل و انتقال قطعی‌ موضوع ماده‌ی 59 این قانون به مأخذ تاریخ تصرف پرداخت شده باشد.

تبصره‌ی 11 : مالکان مجتمع‌های مسکونی دارای بیش از سه واحد استیجاری که با رعایت الگوی مصرف مسکن بنا به اعلام وزارت مسکن و شهرسازی ‌ساخته شده یا می‌شوند در طول مدت اجاره از %100  مالیات بر درآمد املاک اجاری معاف می‌باشد؛ در غیر این صورت درآمد هر شخص‌ ناشی از اجاره‌ی واحد یا واحدهای مسکونی در تهران تا مجموع یک‌صد و پنجاه مترمربع زیربنای مفید و در سایر نقاط تا مجموع دویست مترمربع زیربنای‌ مفید از مالیات بر درآمد ناشی از اجاره‌ی املاک معاف می‌باشد.

مثال: اگر یک ملک 250 متری در تهران به موجب قرارداد ماهانه به مبلغ 000ˈ000ˈ60 ریال اجاره داده شده باشد، مطلوب است محاسبه‌ی درآمد مشمول مالیات اجاره.

 000ˈ240  =   250 ÷  000ˈ000ˈ60 =   ارزش اجاری ماهانه‌ی هر مترمربع

150 متر معاف است.

000ˈ000ˈ216  =  %75  ×  12  × 100  × 000ˈ240   =   درآمد مشمول مالیات اجاره