مطابق ماده‌ی 15 و 16قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه‌ی مؤدیان، اطلاعات سامانه‌ی مؤدیان، محرمانه است و سازمان مجاز به افشای آن جز به حکم قانون و یا مرجع قضائی نمی­باشد.

کارگروه راهبری سامانه‌ی مؤدیان مکلف است امکان استفاده از این اطلاعات را مشروط به رعایت ملاحظات امنیتی و حریم خصوصی اشخاص برای دستگاه‌های اجرائی موضوع ماده‌ی 5 قانون مدیریت خدمات کشوری (کلیه‌ی  وزارتخانه‌ها، مؤسسات دولتی، مؤسسات یا نهادهای عمومی غیردولتی، شرکت‌های دولتی و کلیه‌ی دستگاه‌هایی که شمول قانون بر آن‌ها مستلزم ذکر و یا تصریح نام است از قبیل شرکت ملی نفت ایران، سازمان گسترش و نوسازی صنایع ایران، بانک مرکزی، بانک‌ها و بیمه‌های دولتی، دستگاه اجرایی نامیده می‌شوند) و سایر متقاضیان با شرایط زیر فراهم کند:

الف)در مورد دستگاه‌های اجرائی، دسترسی به این اطلاعات در مواردی خواهد بود که مطابق قوانین و مقررات، اطلاعات موجود در سامانه، در راستای انجام وظایف آن‌ها باشد.

ب)در مورد سایر متقاضیان، دسترسی به این اطلاعات در مواردی خواهد بود که متقاضی به منظور انجام امور تحقیقاتی و پژوهشی نیازمند استفاده از اطلاعات مزبور باشد. در این صورت متقاضی مکلف است درخواست مکتوب خود را که در بردارنده‌ی اطلاعات مورد نیاز است به همراه معرفی‌نامه از سوی دستگاه یا نهادهای پژوهشی مرتبط نظیر مراکز علمی و دانشگاهی به سازمان ارائه کند. کارگروه راهبری سامانه‌ی مؤدیان موظف است با بررسی درخواست مزبور، اطلاعات مورد درخواست را به صورت داده‌های ناشناس و به میزان لازم جهت انجام تحقیقات و پژوهش مورد نظر در اختیار متقاضی قرار دهد .

سازمان مکلف است در ایجاد و استقرار سامانه، نسبت به صیانت و حفاظت از اطلاعات اشخاص و رعایت مقررات امنیت فضای تبادل اطلاعات (افتا) اقدام کند.

متخلفان از مفاد این ماده ضمن جبران خسارت وارده مشمول مجازات موضوع ماده‌ی 279 قانون مالیات‌های مستقیم الحاقی (هرگونه دسترسی غیرمجاز و سوء‌ استفاده از اطلاعات ثبت‌شده در پایگاه اطلاعات هویتی، عملکردی و دارایی مؤدیان مالیاتی موضوع ماده‌ی 169مکرر این قانون در خصوص مسائلی غیر از فرآیند تشخیص و وصول درآمدهای مالیاتی یا افشای اطلاعات مزبور جرم است و مرتکب علاوه ‌بر انفصال از خدمات دولتی و عمومی از دو تا پنج سال، به مجازات بیش از شش ماه تا دو سال حبس محکوم می‌شود. سایر مجازات‌های قانونی مربوط به‌ این ماده با اقامه‌ی دعوی توسط ذی‌نفعان و به تشخیص مراجع قانونی ذی‌صلاح تعیین می‌شود) می‌شوند. الزام به جبران خسارت شامل مواردی که وارد شدن آسیب منتسب به متخلف نیست، نمی‌گردد.

مراجع ذی‌ربط مکلفند ظرف مدت شش ماه از تاریخ لازم‌الاجراء شدن این قانون، فرآیند مربوط به صدور، تجدید، تمدید، اصلاح یا ابطال پروانه‌ی کسب و کار، کارت بازرگانی و مجوز فعالیت‌های اقتصادی را به گونه‌ای اصلاح کنند که هرگونه شروع فعالیت اقتصادی جدید، تغییر نوع فعالیت، تغییر مالک یا مالکان، تغییر مکان و سایر تغییرات مرتبط با کسب و کار اشخاص، بدون ثبت یا اصلاح اطلاعات مربوط در سامانه‌ی مؤدیان امکان پذیر نباشد. تشخیص مراجع ذی‌ربط با رعایت قوانین و مقررات مربوطه در هر مورد، با کارگروه راهبری سامانه‌ی مؤدیان است.