مطابق ماده‌ی 5 قانون پایانه‌های فروشگاهی، فرایند کلی ثبت معاملات و محاسبه‌ی مالیات بر ارزش افزوده در سامانه‌ی مؤدیان به صورت زیر است:

الف) صورت‌حساب الکترونیکی، توسط فروشنده از طریق سامانه‌ی مؤدیان صادر می‌شود.

در مورد مؤدیانی که مستقیماً با مصرف‌کننده‌ی نهائی ارتباط دارند، عملیات ثبت فروش

و صدور صورت‌حساب الکترونیکی، توسط پایانه‌ی فروشگاهی انجام می‌شود.

ب) در صورتی که خریدار، مصرف‌کننده‌ی نهائی نبوده و خود عضو سامانه‌ی

مؤدیان باشد، صورت‌حساب الکترونیکی صادرشده توسط فروشنده، به صورت خودکار

به کارپوشه‌ی وی در سامانه‌ی مؤدیان منتقل می‌شود و به عنوان اعتبار مالیاتی برای

او منظور می‌شود.

مؤدیان مالیاتی مکلفند ظرف مدت سی روز از تاریخ درج صورت‌حساب الکترونیکی در

کارپوشه‌ی مؤدیان نسبت به اعلام پذیرش یا عدم پذیرش این صورت‌حساب‌ها اقدام

کنند. عدم اظهارنظر ظرف مدت مذکور به منزله‌ی تأیید صورت‌حساب مربوط می‌باشد.

پ) در پایان هر دوره‌ی سه ماهه، بدهی مالیات بر ارزش افزوده‌ی مؤدی که

عبارت است از مابه‌التفاوت مالیات فروش و مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی

در طول دوره، طبق مقررات توسط سامانه محاسبه می‌شود.

در صورتی که مالیات فروش مؤدی بیشتر از مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی باشد،

مؤدی موظف است مابه‌التفاوت را به ترتیبی که سازمان مقرر می‌کند، به حساب

سازمان واریز کند.

متقابلاً در صورتی که مالیات فروش مؤدی کمتر از مالیات خرید (اعتبار مالیاتی) وی

باشد، سازمان موظف است با رعایت ترتیبات قانونی مربوطه مابه‌التفاوت را به مؤدی

مسترد کند.

ت) پس از اتمام مواعید مقرر در این قانون، مأموران مالیاتی جز در مواردی

که در این قانون اجازه داده شده، نباید در تشخیص بدهی مالیات بر ارزش

افزوده‌ی اشخاص مشمول دخالت کنند.

ث) به منظور تکمیل اطلاعات سازمان در خصوص مؤدیانی که عضو

سامانه‌ی مؤدیان نبوده یا بدون صدور صورت‌حساب الکترونیکی اقدام به

فروش می کنند، سامانه‌ی مؤدیان باید به گونه‌ای طراحی شود که مؤدی

بتواند خریدهای خود را که فروشنده برای آن‌ها صورت‌حساب الکترونیکی

صادر نکرده است، به سازمان اطلاع دهد.

گمرک جمهوری اسلامی ایران موظف است امکان انتقال الکترونیکی و برخط اطلاعات

مالیات بر ارزش افزوده‌ی پرداخت شده توسط واردکنندگان را به سامانه‌ی مؤدیان از

طریق مرکز ملی تبادل اطلاعات فراهم کند.