مطابق ماده‌ی 19 تا 21 قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه‌ی مؤدیان، سازمان مکلف است اظهارنامه‌های مالیات بر عملکرد آن دسته از اشخاص مشمول را که تمامی مقررات این قانون را رعایت کرده‌اند و آن را بر مبنای اطلاعات مندرج در سامانه‌ی مؤدیان تنظیم و در مهلت مقرر ارائه نموده‌اند از طریق انطباق با اطلاعات موجود در پایگاه داده‌ی سازمان راستی آزمایی نموده و در صورت عدم مغایرت با اطلاعات پایگاه مذکور، اظهارنامه‌ی تسلیمی را بدون رسیدگی قبول کند.

به منظور حصول اطمینان از صحت اسناد اظهار شده در سامانه‌ی مؤدیان، سازمان مجاز است حداکثر دو و نیم درصد مؤدیان مشمول قانون مالیات‌های مستقیم و قانون مالیات بر ارزش افزوده را که عضو سامانه‌ی مؤدیان هستند، به صورت تصادفی و به قید قرعه انتخاب کرده و دفاتر آنان را مطالبه یا برای مشاهده‌ی دفاتر و اسناد، به محل کار آنان مراجعه کند. دستورالعمل این تبصره ظرف مدت شش ماه از تاریخ لازم‌الاجراشدن این قانون به تأیید وزیر امور اقتصادی و دارایی می‌رسد. محدودیت مذکور نسبت به مؤدیانی که عضو سامانه‌ی مؤدیان نیستند، وجود ندارد.

مؤدیان می‌توانند اظهارنامه‌ی مربوط به مالیات عملکرد خود را از طریق سامانه‌ی مؤدیان ارائه کنند. سازمان موظف است ترتیبی اتخاذ کند که اطلاعات مربوط به خرید و فروش­ مؤدی عیناً به اظهارنامه‌ی مالیات بر عملکرد وی منتقل شود و مؤدی تنها موظف به ثبت سایر اقلام اطلاعاتی مورد نیاز برای محاسبه‌ی مالیات عملکرد نظیر حقوق و دستمزد، اجاره و استهلاکات بر اساس مقررات مربوط و ضوابطی که سازمان تعیین می‌کند، می‌باشد.

سازمان مکلف است در چهارچوب دستورالعملی که ظرف مدت شش ماه از لازم الاجرا شدن این قانون تهیه می‌شود و به تأیید وزیر امور اقتصادی و دارایی می‌رسد، آن دسته از اشخاص مشمولی که تمامی تکالیف مقرر در این قانون را رعایت کرده و از نرم‌افزارهای حسابداری مورد تأیید کارگروه راهبری سامانه‌ی مؤدیان استفاده می‌کنند، از ارائه‌ی دفاتر یا اسناد و مدارک موضوع قوانین مالیات‌های مستقیم و مالیات بر ارزش افزوده مستثنی کند.

به سازمان اجازه داده می‌شود در صورت ثبت نام مؤدی در سامانه‌ی مؤدیان و انجام تکالیف قانونی مربوط، بدهی مالیات بر ارزش افزوده‌ی وی را که مربوط به سال ۱۳۹۶ و قبل از آن می‌باشد، مطابق دستورالعملی که توسط سازمان پیشنهاد شده و به تأیید وزیر امور اقتصادی و دارایی می‌رسد، قطعی نموده و کلیه‌ی جریمه‌های متعلقه را به مدت سه سال تعلیق کند. در صورت ارتکاب تخلفات مذکور در این قانون توسط مؤدی در طول زمان تعلیق و محکومیت وی در هیأت حل اختلاف مالیاتی، مؤدی حسب رأی هیأت، ملزم به پرداخت تمام یا بخشی از جریمه‌های تعلیق شده خواهد بود. پس از انقضای مهلت فوق‌الذکر در صورت عدم ارتکاب تخلفات، جریمه‎های تعلیق شده بخشوده می‌شود.